Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Pamekasan mempunyai tugas dan fungsi sebagai berikut :
- Tugas : Melakukan Urusan Penatausahaan dan Urusan rumah tangga Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Pamekasan
- Fungsi : Pelaksanaan urusan surat menyurat, kearsipan dan penggandaan; urusan perawatan dan pemeliharaan gedung, sarana dan prasarana serta perlengkapan dan perpustakaan; serta pelaksanaan urusan keamanan, keprotokolan.
- Tugas : Melakukan Kegiatan Keimigrasian di Seksi Dokumen Perjalanan dan Izin Tinggal Keimigrasian Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Pamekasan berdasarkan Peraturan Perundang-undangan yang berlaku.
- Fungsi : Melakukan Pemberian Dokumen Perjalanan (Paspor) serta Izin Tinggal Keimigrasian (Izin Tinggal Kunjungan, Izin Tinggal Sementara, Izin Tinggal Tetap, dan lain-lain), penentuan Status Keimigrasian bagi Orang Asing yang berada di Indonesia, dan penelitian terhadap kebenaran bukti-bukti Kewarganegaraan Seseorang mengenai Status Kewarganegaraan.
- Tugas : Melakukan Pengawasan dan Penindakan Keimigrasian terhadap Orang Asing di Wilayah Kerja Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Pamekasan berdasarkan Peraturan Perundang-undangan yang berlaku.
- Fungsi : Melakukan Pemantauan terhadap Pelanggaran Perizinan Keimigrasian dan Mengadakan Kerjasama antar Instansi di Bidang Pengawasan Orang Asing, melakukan Penyidikan dan Penindakan terhadap Setiap Orang yang melakukan tindakan Pidana dan Pelanggaran Keimigrasian, serta melakukan Pemeriksaan Cegah dan Tangkal untuk Permohonan Dokumen Keimigrasian.
- Tugas : Melakukan Penyebaran dan Pemanfaatan Teknologi Informasi dan Komunikasi, serta Pengelolaan Sarana Prasarana Informasi dan Komunikasi Keimigrasian di Lingkungan Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Pamekasan berdasarkan Peraturan Perundang-undangan yang berlaku.
- Fungsi : Melakukan Pengumpulan atau Penelaahan Analisis Data Evaluasi Penyajian dan Penyebaran untuk Penyelidikan Keimigrasian, serta melakukan Pemeliharaan, Pengamanan Dokumen Keimigrasian dan Penggunaan serta Pemeliharaan Sarana Komunikasi.

