Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor M.HH-03.OT.01.01 Tahun 2011 tentang Pembentukan Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan dan Kantor Imigrasi Kelas III Kediri. Saat ini, Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan beralamat di Jalan Raya Panglegur No. 14 IM Tlanakan Pamekasan, berdiri di atas lahan hak pinjam pakai dari Pemerintah Daerah Pamekasan, eks kantor Dinsosnakertrans Kabupaten Pemekasan. Pegawai yang bertugas untuk pertama kalinya di Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan berjumlah 11 orang dengan perincian 4 pejabat Struktural dan 7 Pegawai Tata Usaha.
Secara Geografis, Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan terletak di Kabupaten Pamekasan Pulau Madura. Pulau Madura memiliki 4 (empat) kabupaten, yakni: Kabupaten Bangkalan, Kabupaten Sampang, Kabupaten Pamekasan, dan Kabupaten Sumenep. Pulau Madura adalah salah satu pulau yang terbesar di Jawa Timur dengan cakupan luas wilayah kurang lebih 5.250 km². Jumlah penduduk Pulau Madura adalah 3.856.278 jiwa. Wilayah Kerja Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan meliputi 4 (empat) kabupaten, yakni :
- Kabupaten Bangkalan
- Kabupaten Sampang
- Kabupaten Pamekasan
- Kabupaten Sumenep
Wilayah Kerja dengan geografis yang luas dan demografis yang cukup besar tersebut membuat aktivitas pelayanan dan pengawasan keimigrasian semakin dinamis dan kompleks. Seiring dengan perkembangan keadaan dan potensi di wilayah kerja tersebut, Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Pamekasan senantiasa mengembangkan segala sarana dan prasarana penunjang pelaksanaan tugas dan fungsi keimigrasian dalam rangka mewujudkan good immigration services, baik itu terhadap warga negara Indonesia maupun warga negara asing, dengan tetap mengedepankan aspek keamanan dan penegakan hukum.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor M.HH-02.OT.01.03 Tahun 2022 tentang Peningkatan Kelas Kantor Imigrasi Kelas II TPI Dumai Menjadi Kantor Imigrasi Kelas I TPI Dumai, Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Tasikmalaya Menjadi Kantor Imigrasi Kelas I Non TPI Tasikmalaya, Kantor Imigrasi Kelas III TPI Labuan Bajo Menjadi Kantor Imigrasi Kelas II TPI Labuan Bajo, Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Kotabumi Menjadi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Kotabumi, Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Pamekasan Menjadi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Pamekasan, Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Ketapang Menjadi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Ketapang dan Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Baubau Menjadi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Baubau, maka Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Pamekasan yang awalnya Kelas III diberikan kenaikan kelas menjadi Kelas II dengan wilayah kerja 4 kabupaten sebagai berikut :
- Kabupaten Bangkalan
- Kabupaten Sampang
- Kabupaten Pamekasan
- Kabupaten Sumenep
Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Pamekasan bekerjasama dengan Pemerintah Kota dan Kabupaten dengan menggelar Mall Pelayanan Publik (MPP) yaitu:
- MPP Bangkalan, Jl. Halim Perdana Kusuma, Area Sawah, Mlajah, Kec. Bangkalan, Kabupaten Bangkalan
- MPP Sampang, Jl. KH Wahid Hasyim No.143, Rw. X, Gn. Sekar, Kec. Sampang, Kabupaten Sampang
- MPP Sumenep, Jl. Dr. Soetomo, Lingkungan Delama, Pajagalan, Kec. Kota Sumenep, Kabupaten Sumenep
